Действие игры происходит в мире Полигона спустя некоторое время после завершения миссии игрока в первой части. Исчез контроль Супера, и механоидам стали доступны новые сектора, новые возможности. После Реформации — процесса, к которому, как думают Считающие, приложил силы сам Наблюдатель, — механоиды изменились. Многие старые кланы исчезли. Ушли в небытие их примитивные цели. Новые кланы с механоидами пятого поколения во главе — это мощные формирования механоидов, с четкой стратегией и масштабными целями. Взаимоисключающие интересы привели к войнам, которые велись уже не ради рейтинга или иллюзии превосходства, а ради тотального уничтожения противника. Возможность контролировать ресурсы позволила сильным кланам уничтожить или изгнать слабые, действуя не только военным, но и экономическим путем.
Настало временное равновесие — никто не мог изменить ситуацию в свою пользу. Тогда Считающие, один из немногих сохранившихся с прошлых времен кланов, призвали того, кто сможет найти и вернуть в Полигон самого первого механоида пятого поколения. Такой герой нашелся. Им оказался один из лидеров клана, недавно проигравшего войну. Для него это задание стало возможностью попытаться вернуть былое могущество или даже обрести новое.
Все механоиды знали, кто ушел за пределы мира — непревзойденный воин, в одиночку способный противостоять могучим кланам. Однако никто не знал, что с ним произошло и где его можно найти. Хотя мысль заполучить такого союзника появлялась у многих. Считающие с помощью каких-то своих методов выяснили, что его можно отыскать и вернуться обратно. До этого момента такой возможности не было. Бывший глава уничтоженного клана получил все необходимые сведения и отправился в путь. Он выполнил миссию: первый из механоидов пятого поколения снова появился на Полигоне.
